La scoperta, in Sudafrica, della nuova variante Omicron, per ora presente in Italia con quattro casi in Campania, ha spinto il ministero della Salute a inviare una circolare alle Regioni per «raccomandare di rafforzare e monitorare le attività di tracciamento e sequenziamento del virus Sars-Cov2». In effetti l’Italia è piuttosto indietro con l’inserimento nella piattaforma internazionale Gisaid delle sequenze del genoma completo delle mutazioni del virus: finora ha esaminato solo l’1,4% dei campioni tratti dai tamponi molecolari positivi, contro il 12,8% del Regno Unito, il 56,2% dell’Islanda, il 4,6% della Germania, il 3,6% degli Usa. E, stando agli ultimi dati diffusi dall’Istituto superiore di Sanità, dal 9 ottobre a fine novembre il Veneto è a fondo classifica, con uno 0,3% di campioni sequenziati. Sotto ci sono Piemonte e Puglia, con lo 0,1%, e poi Liguria e Toscana, con lo 0%.
Paradossalmente le prime delle classe sono realtà spesso in difficoltà con screening e contact tracing, cioè la Sardegna con il 16,7%, il Molise con il 15,4% dei campioni sequenziati, l’Umbria con l’8,4% e l’Abruzzo con il 6,5%. Segue la Lombardia con il 5,5%, l’unica regione del Nord nella parte alta della classifica. Il problema è che secondo l’Oms e l’Ecdc (il Centro europeo per la prevenzione e il controllo delle malattie) per monitorare le varianti presenti su un territorio bisogna garantire la genotipizzazione di almeno il 5% dei tamponi molecolari positivi (in ottobre l’Italia è salita al 4,9%). Nel Veneto questa fondamentale attività è affidata all’Istituto Zooprofilattico delle Venezie, con sede a Legnaro, che al momento identifica una circolazione della variante Delta pari al 100%. Ma perché proprio nel pieno della quarta ondata pandemica, e di fronte alla Omicron di cui si sa ancora poco, il ritmo di sequenziamento sembra rallentare? «In realtà noi inviamo 200 sequenziamenti del genoma completo alla settimana — assicura Antonia Ricci, direttore generale dell’Izv — potrebbero esserci problemi di trasmissione alla banca dati generale. Va aggiunto che nelle ultime settimane stiamo assistendo a un aumento esponenziale dei contagi da Covid-19 e più ne emergono, più sequenziamenti vanno fatti. Il problema è che i 14 laboratori di Microbiologia del Veneto faticano a inviarci una grande quantità di campioni, perché sono molto sotto pressione con i tamponi, legati alla diagnostica ma anche al Green Pass per i non vaccinati, onere supplementare da svolgere con il medesimo personale. C’è infine una terza ragione che motiva la nostra posizione in classifica — avverte Ricci — la piattaforma Gisaid considera solo i dati relativi al sequenziamento del genoma completo, che richiede una settimana di lavoro, mentre noi e le Microbiologie delle Usl puntiamo prima su quello rapido, per dare una risposta immediata ai clinici sull’identificazione delle varianti. Cioè eseguiamo subito la genotipizzazione della proteina Spike, in modo da fornire in 24 ore l’esito ai medici, ma non viene considerato dall’Iss. Poi naturalmente procediamo con il genoma completo, per vedere tutte le mutazioni». Per capire quanto ciò penalizzi il Veneto basti pensare che fino alla nuova ondata di contagi solo la Microbiologia di Padova effettuava il sequenziamento rapido su tutti i tamponi molecolari positivi, operazione ora impossibile. E’ necessario potenziare l’organico del personale specializzato, partendo da quello dello Zooprofilattico.
«Intanto abbiamo esteso l’attività di ricerca delle varianti ai laboratori di Padova e Mestre e a breve nel circuito entreranno pure quelli di Treviso, Verona e Vicenza — rivela il dottor Mario Rassu, a capo delle 14 Microbiologie del Veneto — Azienda Zero ha già lanciato il bando di gara. L’Izv è sotto pressione perché deve seguire anche l’evoluzione dell’influenza aviaria, oltre a un sovraccarico diagnostico comprensivo dei tanti cluster scolastici emersi. La produttività è aumentata ma non basta e i tamponi dei no vax ci complicano la vita, dobbiamo ritarare il sistema». La buona notizia è il nuovo finanziamento disposto dal ministero della Salute a favore degli Zooprofilattici per l’assunzione di ricercatori da impiegare pure nella caccia alle varianti. «Tecnici e biotecnologi sul mercato scarseggiano, tanti concorsi vanno deserti — chiude Ricci — i pochi in servizio ce li contendiamo con le Usl. La platea è sempre quella e deve affrontare anche il collo di bottiglia del sequenziamento dell’aviaria»
